براساس رای صادره درششصدونودودومین جلسه شورای عالی برنامه ریزی وزارت علوم ، تحقیقات وفناوری مورخ 87/7/6 اهداف دوره دکتری حکمت متعالیه به شرح ذیل می باشد :
الف) تربیت افرادی که درسایه آشنایی جامع باابعادحکمت متعالیه صدرایی بتوانند دررفع نیازهای فکری کشورکوشاباشند.
ب) برجسته کردن برخی ابعاد پنهان حکمت متعالیه وپرهیزازتمرکزبربُعد وجودشناختی فلسفه اسلامی .
ج) نظام مندکردن میراث علمی فیلسوفان متآخرجهان اسلام.